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1、双方协商，由于宅基地买卖契约丢失可以补签三份《土地转让协议书》，并在协议中说明补签的理由，在签订的时候可以向乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门申请合同鉴证（即当着乡（镇）人民政府农村土地承包管理部门签订）。补签以后，用其中一份及时向发包方村集体经济组织或者村民委员会备案，一份向县级人民政府农业行政（或农村经营管理）主管部门申请办理土地承包经营权流转登记。一来可以满足《农村土地承包经营权流转管理办法》第十一条关于备案的要求，二来可以防止再次遗失。若完全重新签订，应在新协议中声明原协议作废。2、若对方不同意补签，如果能够记得《土地转让协议书》的内容，应当先用笔记下主要内容，同时暂停履行《土地转让协议书》，可以请求村民委员会、乡（镇）人民政府调解。调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院起诉。对方在人民法院诉讼过程中需提交《土地转让协议书》原件。