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个体户的个人所得税征收有查账征收和定额核定征收两种方式：个体工商业户实行查账征收的，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率计算缴纳个人所得税。个体业主的工资不作为成本、费用扣除，但可以扣除生计费用每年42000元。
《个体工商户个人所得税计税办法》第五条个体工商户应纳税所得额的计算，以权责发生制为原则，属于当期的收入和费用，不论款项是否收付，均作为当期的收入和费用；不属于当期的收入和费用，即使款项已经在当期收付，均不作为当期收入和费用。本办法和财政部、国家税务总局另有规定的除外。