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股权拍卖的执行程序主要有：1、拍卖机构的选择。当事人可以协商确定拍卖机构，也可以一致同意由人民法院随机确定。2、拍卖中的特殊问题处理(1)保留价的确定。在股权拍卖中必须确定被拍卖股权的保留价。(2)股权的权属情况。股权在拍卖前，人民法院会调查清楚股权到底属谁所有，保障股权的权属没有瑕疵。(3)拍卖公告。人民法院在股权拍卖前15天会发布拍卖公告。拍卖公告发布的范围及媒体由当事人协商确定;协商不成的，由人民法院确定。(4)参加拍卖的保证金。申请参与股权拍卖的竞买人必须向人民法院预交保证金。(5)通知优先权人和优先权处理。人民法院会在拍卖5日前以书面或者其他能够确认收悉的适当方式，通知当事人和已知的担保物权人、优先购买权人(即其他股东)或者其他优先权人于拍卖日到场。3、拍卖成交或者以流拍的财产抵债后买受人不履行义务的处理。4、结案处理。
《关于人民法院民事执行中拍卖、变卖财产的规定》第4条对拟拍卖的股权，人民法院应当委托具有相应资质的评估机构进行评估，除非当事人申请无须进行评估。